根據國家稅務總局《關于調整個人取得全年一次性獎金等計算征收個人所得稅方法問題的通知》（國稅發[2005]9號）規定，年終獎個人所得稅扣稅辦法為：對于納稅人取得全年一次性獎金，單獨作為一個月工資、薪金所得計算納稅，“先將雇員當月內取得的全年一次性獎金除以12個月，按其商數確定適用稅率和速算扣除數”，再按“確定的適用稅率和速算扣除數計算征稅”。該辦法在一個納稅年度內，對每一個納稅人只允許采用一次。
    第一種方法是，年終獎高于（或等于）費用扣除額的計算
    按照年終獎繳稅規定，個人取得全年一次性獎金且獲取獎金當月個人的工資、薪金所得高于(或等于)稅法規定的費用扣除額3500元時，計算公式為：
    應納稅額=個人當月取得全年一次性獎金×適用稅率-速算扣除數，個人當月工資、薪金所得與全年一次性獎金應分別計算繳納個人所得稅。
    例1：李某2009年年終獎為12000元，當月工資、薪金收入為3900，則應納稅額為372元。
    1、12000÷12=1000（元），適用稅率為3% 
    2、年終獎應納稅額為12000×3%= 360（元）
    3、當月工資、薪金所得應納稅額為（3900-3500）×3%=12（元）
    4、當月合計應納稅額為360+12=372（元）
    第二種方法是取得年終獎當月個人工資、薪金所得低于費用扣除額的計算
    如果在發放年終一次性獎金的當月，個人工資、薪金所得低于稅法規定的費用扣除額，應將年終獎減除“個人當月工資、薪金所得與費用扣除額的差額”后的余額，再確定年終獎的適用稅率和速算扣除數。這時的計算公式為：
    應納稅額=(個人當月取得年終獎-個人當月工資、薪金所得與費用扣除額的差額)×適用稅率-速算扣除數。
    例2：劉某當月工資、薪金所得低于3500元(只有2900元)，2012年1月13日，該單位再向劉某發放年終獎4200元，因此，應將年終一次性獎金減除當月工資與費用扣除額3500元之間的差額后，計算繳納個人所得稅。據此，劉某在獲得這筆年終獎時，應繳納個人所得稅108元。計算過程為：
    應納稅所得額為4200-(3500-2900)=3600（元） 

    3600÷12=300元，適用稅率為3%，速算扣除數為0；
    應納稅額為3600×3%=108（元）
    第三種方法是年終獎除以12低于3500也要納稅
    特別需要強調的是，全年一次性獎金除以12后的余額，低于法定費用扣除額3500元也應該納稅。
    因為納稅人的費用扣除額在工資中已扣除，用全年獎金除以12，主要是為確定適用稅率和速算扣除數，不能作為判斷是否納稅的依據。
    例3：高某全年一次性獎金為22800元，用全年獎金除以12后為1900元，雖然這低于法定費用扣除額3500元，但也應按相應稅率繳納稅款2175元。
    22800÷12=1900元，適用稅率為10%，速算扣除數為105
    應納稅額為22800×10%-105=2175

個人所得稅的具體扣除辦法，請參閱公司網站政策法規專欄《中華人民共和國個人所得稅法》、《中華人民共和國個人所得稅法實施條例（2008修訂） 》 

《國務院關于修改《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》的決定》